از مدارس دوران آل اینجو و آل مظفر می توان از مدرسه مسعودیه _مجدیه -دارالشفا ومدرسه منصوریه را نام برد که از میان این مدارس تنها بنای موجود مدرسه منصوریه باقی مانده که در جنوب بقعه شاه چراغ (ع )در بازارچه منصوریه قرار دارد . این مدرسه توسط امیر صدر الدین دشتکی شیرازی که یکی از مفاخر قرن نهم هجری در شیراز بود ساخته شد وی این مدرسه را به نام فرزندش امیر غیاث الدین منصور به نام مدرسه منصوریه نامیده است.
از سال 1300 (ه . ق ) تولیت این مدرسه توسط حاج میرزا حسن حسینی فسایی مولف فارسنامه ناصری بوده است.وی در سال 1308 (ه .ق ) نوسازی اساسی در این مدرسه انجام داد وپس از فوت ،وی را در همین مدرسه دفن نمودند در حال حاضر طلاب علوم دینی در این مدرسه مشغول به تحصیل هستند.
از مدارس معروف دوره صفویه می توان از مدرسه مقیمیه _مدرسه حکیم ومدرسه محمودیه ( نظامیه ) -مدرسه امامیه واز همه معروف تر مدرسه خان را نام برد . مدرسه حکیم در جنب بازار شاه چراغ (ع ) قرار گرفته وهم اکنون به عنوان حوزه علمیه شهید دستغیب محل تحصیل طلاب علوم دینی است. مدرسه مقیمیه نیز در جنوب مسجد جامع عتیق در مسیر طرح جدید بین الحرمین قرار گرفته واین مدرسه نیز هم اکنون محل تحصیل طلاب علوم دینی می باشد.
دیگری ساخت مدرسه امامیه توسط امام قلی خان سردار وحکمران دوره صفویه بوده ودیگری مدرسه خان که معروفترین مدرسه شیراز در دوره صفویه است که سنگ بنای اولیه آن توسط الله وردی خان حاکم فارس در دوره شاه عباس صفوی کذاشته شد وسپس توسط پسرش امام قلی خان در سال1024 ( ه. ق ) به اتمام رسید. این بنا که یکی از مجلل ترین آثار تاریخی دوران صفوی در شیراز است که امروزه به مدرسه خان مشهور بوده ودر محله اسحاق بیگ (گود عربان )واقع شده وخیابان لطفعلی خان زند از جنوب آن می گذرد.
در این مدرسه فلسفه ، نجوم، طب وشیمی وریاضیات خوانده می شد .به دعوت حاکم فارس ، ملا صدرا فیلسوف نامدار دوره صفویه در این مدرسه تدریس داشته است. این مدرسه در دوره زندیه وقاجاریه نیز از مدارس فعال شیراز بوده ودر دوران معاصر نیز به عنوان حوزه علمیه برای تربیت طلاب علوم دینی مورد استفاده قرار می گیرد.